Fragfold : l’ia au service des protéines.
Une nouvelle méthode d’intelligence artificielle, FragFold, a été développée pour prédire les fragments de protéines capables de se lier à des protéines cibles et de les inhiber. Cette approche s’appuie sur le modèle AlphaFold et pourrait conduire à des inhibiteurs génétiquement codables contre n’importe quelle protéine. Les chercheurs ont confirmé expérimentalement que plus de la moitié des prédictions de FragFold étaient exactes, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche sur les interactions protéiques et les applications thérapeutiques.
Points clés
- FragFold, un nouveau programme développé au département de biologie du MIT, utilise l’intelligence artificielle pour prédire les fragments de protéines capables d’inhiber des protéines complètes chez E. coli.
- Le programme s’appuie sur AlphaFold, un modèle d’ia qui a révolutionné la biologie grâce à sa capacité à prédire le repliement et les interactions des protéines.
- Les chercheurs ont confirmé expérimentalement que plus de la moitié des prédictions de FragFold concernant la liaison ou l’inhibition étaient exactes.
- FragFold a été utilisé pour étudier FtsZ, une protéine clé pour la division cellulaire, et a permis d’identifier de nouvelles interactions avec d’autres protéines.
- Un fragment de protéine de LptG a inhibé l’interaction entre les protéines de transport des lipopolysaccharides LptF et LptG, perturbant ainsi la livraison de lipopolysaccharide, un composant essentiel de la membrane cellulaire externe d’E. coli.
- Andrew Savinov, chercheur postdoctoral au Li Lab, souligne que FragFold peut être appliqué à des protéines sans fonctions, interactions ou structures connues.
- Amy Keating, professeure de biologie, souligne que les applications créatives des méthodes d’ia, comme FragFold, ouvrent des capacités inattendues et de nouvelles directions de recherche.
À retenir
Alors, si j’ai bien compris, grâce à FragFold, on va pouvoir manipuler les protéines comme des marionnettes ? C’est génial ! On pourra bientôt créer des médicaments sur mesure et réparer nos cellules comme on change une pièce de voiture. Bon, en attendant, je vais continuer à manger des frites, on verra bien ce que ça donne sur mes protéines…
Sources
